關于國庫管理，財政部和央行的關系一直存在爭議。
正在公開征求意見的《預算法》修正案草案二次審議稿中，將現行預算法“中央國庫由中國人民銀行經理”一條刪除，引發外界諸多討論。
央行“經理”降低效率？
現行預算法的第48條中有規定，“中央國庫業務由中國人民銀行經理”。但在公布的二審稿中，此項規定被刪除。
現行預算法“各級政府應當加強對本級國庫的管理和監督”的條文，改成二審稿中“各級政府及其財政部門應當加強對本級國庫的管理和監督”，增加了“及其財政部門”。現行預算法與二審稿中，都有“各級國庫庫款的支配權屬于本級政府財政部門”。
這些有關國庫管理條文的改動，意味著中國人民銀行對國庫管理權限的減弱，而財政系統這方面的權限則得到加強。
據地方財政廳相關官員介紹，財政資金的撥付，需要先由財政系統各業務部門，如農業處、經濟建設處等，根據預算，提出相應申請，這些申請需要首先在該部門內經過審批；各業務部門的申請，匯總到財政系統的國庫處，經過審批；再到國庫支付中心，或者國庫支付局，經審核，再確認支付；最終，匯總到地方國庫，根據央行具體風險控制標準，走不同的審批程序。
財政部財政科學研究所副所長王朝才指出，應該推行央行代理制，世界上沒有幾個國家是經理制。在現行經理制下，財政資金撥付過程中，還需要走央行的審批程序，需要他們相關負責領導簽字通過，這往往會減緩財政資金下達的速度。財政資金的下劃，是按照年初預算，中間不應該也無需央行的審批。
國務院發展研究中心研究員吳慶認為央行應該是代理國庫。他指出，財政部是代政府管理財政資金，在這個過程中，需要銀行服務，而央行則是負責提供這種服務的。
此前，財政部曾就預算法的修訂，向各地征求意見。據媒體的報道，廣東、四川等省份，均明確提出，由央行經理國庫已經不合時宜，建議在資金的收繳、支付上，實行央行代理制；避免財政系統與央行出現的職能交叉，影響財政資金運行的效率。
代理無法監督？
中國人民銀行國庫局職能介紹的第一條，就是“經理國家金庫業務”。這是依據1985年通過的《中華人民共和國國家金庫條例》，第三條就規定“中國人民銀行具體經理國庫”。
據業內人士透露，財政部希望先通過預算法的修訂，然后再依次推動預算法實施條例和國家金庫條例相關條文的改動。
中央財經大學財經研究院院長王雍君指出，央行對國庫究竟是經理還是代理，關系重大。他認為，綜合考慮當下情況，堅持央行對國庫的經理，是首選之策。經理制下，央行與財政部是平行的關系，相互分工，央行直接對政府負責；代理制下，央行與財政部是代理與委托的關系，央行需依財政部指令行事，難以對財政部起到制約作用。
中國人民銀行研究局副研究員熊鷺此前接受媒體采訪時表示，財政是政府的總會計，國庫是政府的總出納，會計和出納不能互兼，國庫應獨立于財政部門。
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